马家祠堂在风水上是有一定讲究的，从选址来看，一般要求背山面水、明堂宽大，有“左环右抱必有气”的理想环境模式，方位多坐北朝南或坐西朝东等，其建筑布局也遵循风水原则，如前庭要宽敞明亮以吸纳阳气，正堂庄重肃穆用于祭祀祖先，后堂温馨舒适方便家族聚会。
一、选址讲究
马家祠堂选址注重龙脉和生气来源，力求背山面水，这样的格局在风水上被认为是能藏风聚气，有利于宗族的兴旺，而且对周边环境也有要求，比如四周群峰屏列，前有门户把守，后有靠山依托，山水相依，仿佛是一个天然的庇护所，为祠堂营造出一种祥瑞的氛围。
二、方位与布局
在方位上，除了常见的坐北朝南、坐西朝东，还会根据特殊龙脉条件灵活选择，其建筑组织和布局有规制，规模大小虽各有不同，但整体要体现出方正、稳重的特点，前庭、正堂、后堂的布局合理，前庭纳阳，正堂敬祖，后堂聚人，各部分功能明确，相互配合。
三、周边建筑的影响
在祠堂周边建房也有诸多讲究，房子不能建得比祠堂高，要以表示对先人的尊敬，而且房子要方正不缺角，避免出现破财等不利情况，也不能破坏祠堂原来的格局，最好能与祠堂的整体布局相协调。
这些风水讲究到底对马家祠堂以及马氏宗族有着怎样实际的影响呢？是心理层面的慰藉，还是真的能对家族的发展产生作用呢？这是一个值得深入探究的问题。
